1、植物病害成灾机理、监测预警与综合治理

  主要包括植物病原物的生物学特性和致病机制;植物抗病遗传基础以及植物与病原物互作机制;植物病害快速诊断检测、发生危害特点以及大区域暴发流行的生态学机理;主要农作物重大病害的监测预警和综合治理的理论、策略与关键技术。
 
2、植物虫害成灾机理、监测预警与综合治理
  主要包括农作物重大害虫与天敌昆虫的迁飞行为、生殖行为等生物学特性;害虫种群生态学以及作物-害虫-天敌之间的协同进化机制;农作物重大害虫监测预警和综合治理的理论、方法与关键技术。
 
3、生物入侵机制与防控
  主要研究农业外来有害生物入侵的灾变过程、成灾机理、应急控制与持续治理的基础理论,发展与创新入侵生物的预防预警、检测监测、根除扑灭和区域控制的技术与方法。
 
4、植保生物功能基因组与基因安全
  主要包括细菌、真菌、植物和昆虫的分子生物学、功能基因组学和生物信息学基础,植物抗病虫的分子机理、高效分子靶标和具有自主知识产权的新基因发掘,以及转基因作物环境安全性评价与控制的新理论和新技术。